Em outubro de 2010 a CONFENEN apresentou ao STF a ADI nº 4480, para questionar a validade dos artigos 1°, 13, com seus parágrafos e incisos, 14 e §§ 1° e 2°, 18 e §§ 1°, 2° e 3°, e 29 e seus incisos, 31, e 32 e seu § 1°, da Lei n° 12.101, de novembro de 2009.
A Lei em referência dispõe sobre a certificação das entidades beneficentes de assistência social; regula os procedimentos de isenção de contribuições para a seguridade social; altera a Lei nº 8.742, de 7 de dezembro de 1993; revoga dispositivos das Leis 8.212, de 24 de julho de 1991, 9.429, de 26 de dezembro de 1996, 9.732, de 11 de dezembro de 1998, 10.684, de 30 de maio de 2003, e da Medida Provisória nº 2.187-13, de 24 de agosto de 2001.
Além de argumentar que a aplicação da norma gravaria indevidamente o patrimônio, promovendo a tributação indireta das filantrópicas, a CONFENEN apontou inconstitucionalidade material dos dispositivos e inconstitucionalidade formal, por entender que haveria reserva de Lei Complementar para tratar da matéria, nos termos do art. 146-II, cc. art. 150- VI- c, da Constituição Federal.